I februar 2017 møtte den tidligere UNRWA-kommissæren Pierre Krahenbühl ledere fra flere palestinske terrororganisasjoner, inkludert Hamas, Islamsk Jihad (PIJ) og PFLP, i et hemmelig møte i Beirut. Deltakerne inkluderte også UNRWAs leder i Libanon, Hakam Shawan, samt representanter fra andre palestinske fraksjoner som DFLP og Fatah Al-Intifada. Under møtet erklærte Krahenbühl en «partnerskapsånd» med organisasjonene, forsikret dem om at «vi er ett» og oppfordret dem til å utfordre UNRWAs avgjørelser privat, med løfter om mulige endringer eller tilbaketrekking av politiske retningslinjer.
Krahenbühl understreket at møtet måtte holdes hemmelig for å unngå offentlig kritikk som kunne skade UNRWAs troverdighet og føre til redusert finansiering fra internasjonale giverland. Han ba også terrororganisasjonene om å samarbeide med UNRWA om sikkerhetsspørsmål og å avstå fra å stenge UNRWAs fasiliteter eller skoler.
Dette møtet er en del av en større kontrovers knyttet til UNRWAs forbindelser med Hamas og andre terrororganisasjoner. Hamas-lederen Ali Baraka, som var til stede på møtet, hadde tidligere ansvaret for Hamas’ utenlandske relasjoner og har blitt sanksjonert av USA. Baraka og andre Hamas-ledere skal også ha hatt regelmessig kontakt med UNRWAs regionale ledere, hvor noen av dem har støttet Hamas ved ulike anledninger.
UNRWAs bånd til Hamas har fått økt oppmerksomhet etter angrepene 7. oktober 2023, der flere UNRWA-ansatte ble observert som aktive deltakere i Hamas’ militære aktiviteter, blant annet gjennom tilknytning til Al-Qassam-brigadene. Det har også blitt avdekket at noen UNRWA-lærere har undervist i antisemittisk materiale og deltatt i anti-israelske protester. Disse avsløringene har reist alvorlige spørsmål om UNRWAs troverdighet, nøytralitet og rolle i regionen.
